Как найти руткит на сервере, если chrootkit, rkhunter и LMD не помогают?

Не установлен вообще.

Почему главная страница сайта открывается в браузере, но через file_get_contents или curl ничего не отдаётся?

пробовал по разному, мне кажется там какие-то кудрявые настройки сервера скорее всего. Но как это узнать и обойти..

Почему главная страница сайта открывается в браузере, но через file_get_contents или curl ничего не отдаётся?

нет.