Бекенд-разработчик должен уметь пользоваться UNIX-like системами, так и есть.
В основном, Linux: уметь устанавливать ПО (докер сам себя не поставит), настраивать веб-сервер, писать баш-скрипты, настраивать Cron. Естественно, работа в консоли, так как через SSH доступна лишь она, большее и не требуется. Нужно знать где хранятся логи, читать их при необходимости.

Советую обратить внимание на Ubuntu, Debian и CentOS — это самые популярные линуксовые дистрибутивы. Неплохая книга — «Внутреннее устройство Linux» Брайна Уорда.

Нужно знать хотя бы базовые штуки в плане безопасности, настройку файервола, популярные виды уязвимостей и методы защиты от них. Было бы хорошо ещё знать про модель OSI и протоколы.

Смысл в том, чтобы уметь не только написать приложение, но и уметь его развернуть и поддерживать. Во-первых, это полезно для себя, во-вторых, не у всех компаний есть возможность содержать сисадмина, поэтому обязанность админить будет переложена на программистов.

Если что-то упустил — добавьте в комментариях.