Iv Po

В общем я не совсем понял, что ты хочешь сделать и что этим добился. Но я действую так:
config.yml

swiftmailer:
    transport: %mailer_transport%
    host:      %mailer_host%
    port:      %mailer_port%
    username:  %mailer_user%
    encryption: %mailer_encryption%
    auth_mode:  %mailer_auth_mode%
    password:  %mailer_password%
    spool: 
        type: file
        path: "%kernel.root_dir%/../spool"

parameters.yml

parameters:
    mailer_transport: smtp
    mailer_host: smtp.yandex.ru
    mailer_user: *****@********
    mailer_password: *********
    mailer_encryption: ssl
    mailer_auth_mode: login
    mailer_port: 465

Дальше в коде отправляешь просто:
$this->get('mailer')->send($message);

А в крон впендюриваешь с абсолютными путями:
php app/console swiftmailer:spool:send --env=prod

Все, Профит.