Mojo (он же Mojolicious)это фреймворк на Perl. Perl мягко скажем сейчас не самый популярный язык. Используется он все меньше и меньше.
Ruby on Rails это веб-фреймворк на языке Ruby. Популярность Ruby намного выше чем Perl. Т.е. готовых решений больше, компонентов и помощи комьюнити.
Я не знаю больших сервисов написанных на Mojo.
Если для Perl есть cpan.org то для Ruby/Rails есть ruby-toolbox.com.
Я бы не стал писать новый проект на Perl. Часто можно услышать мнение что Perl это write-only язык. Разработчиков на Perl очень мало и становится все меньше. Популярность языка постоянно катится вниз.
В любом случае стоит выбирать тот инструмент, который лучше знает команда разработчиков.
