Mojolicious - это современный веб-фреймворк, написанный на Perl.
Ruby On Rails - веб-фреймворк, написанный на Ruby.
Само понятие фреймворка подразумевает, что вам задаются строгие правила, в рамках которых вы пишете своё приложение. В отличии от библиотек, которые вы можете менять как перчатки (если вам что-то не нравится), однажды выбрав фреймворк, будет затруднительно сменить его в будущем.
И RoR и Mojo имеют огромный спектр возможностей, имеют большое сообщество и активно развиваются. Любое из них позволяет построить веб-приложение нужного функционала и сложности. Главное их отличие, это язык программирования. Поэтому тут всё зависит от людей, которые будут создавать проект. Т.е. имеет смысл ориентироваться только на этот момент.
Найти Ruby-программистов под RoR скорее всего проще, чем Perl-программистов под Mojo. В большинстве своём Perl-программисты, это уже опытные дядьки (тётки), с приличным багажом знаний и умений (т.к. сейчас мало Perl-новичков), сообщество Ruby моложе и гораздо активнее.
Я не разделяю мнение, что Perl непопулярен или то, что его трудно поддерживать и он write-only. Всё-таки профессионалы пишут прекрасно читаемый код и используют лучшие практики (это справедливо для любого языка). Да и
индекс TIOBE показывает, что популярность Perl в последнее время растёт (9-ое место), а Ruby падает (15-ое).
