Документация Woocommerce
Если добавить слово "шаблоны", будет еще больше информации по теме. В том числе и на Тостере.
Пора уже пользоваться поиском, прежде чем писать вопросы.
Ну код у вас вообще ооочень странный
например $thePostID = $post->ID;
Объект $post из которого тянется ID он отсутствует, а дальше $thePostID используется.
Внутри Loop вывода постов запускаете счетчик постов.
Когда счетчик равен 3 - перед выводом поста выводите рекламный блок.
Когда счетчик равен 5 - перед выводом поста выводите рубрики.
