Сохранить на js не получится, но можно передать backend'у координаты углов выделенного фрагмента. А если нет нужды сохранять изображение на сервере, посмотрите в сторону canvas.
Если я вас правильно понял, то создаете новый конфиг для nginx. В нем указываете параметр root, и файлы кидаете в папку указанную в нём.
Самый простой конфиг вида:
