Сохранить на js не получится, но можно передать backend'у координаты углов выделенного фрагмента. А если нет нужды сохранять изображение на сервере, посмотрите в сторону canvas.
Чё это не получится-то? Вооружаемся File Api и вперед. Да, файлы будут сохраняться в песочнице, но есть расширения для хрома, чтобы удобно их оттуда доставать, или можно ссылку для скачивания предоставить, или в профиле браузера самому покопаться.
