Wataru

Разбейте задачу на подзадачи:

1) Проверить, что данный элемент надо удалить
1.1) Проверить, что элемент не уникальный
1.2) Проверить, что элемент - не первый среди одинаковых (один-то его надо оставить)
2) Удалить элемент из массива дописав 0 в конце.

Все эти пункты выполняются циклом. в первых пунктах будет удобно завести булевую переменную, которая после цикла будет содержать значение проверки.

Ваша рекурсия восстонавливает ответ в динамическом программировании в матрице.

Построение матрицы менять не надо, оно просто считает оптимальную длину LCS. Вам надо отдавать приоритет переходам вверх (или влево) пока это возможно при восстановлении ответа.

Но можно сделать простой хак - усеките ваш текст как можно короче, пока LCS все еще оптимального размера.

Вам надо найти самое первое максимальное число в последней строке (или столбце, в зависимости от того в какой из входных строчек вы хотите как можно левее найти вхождение. Я не в курсе, что у вас за aCompareFunc).

От этой позиции и запускайте ваш DoDiff вместо левой нижней ячейки матрицы.

Значения максимума даже не надо искать, он будет в левом нижнем углу матрицы. Вам остается только циклом найти самое левое число в строке (столбце) равное последнему.

Вам еще придется в конце зарепортить необходимое количество l3diffDeleted или l3diffAdded, чтобы восстановить усеченную часть.