Какие протоколы взаимодействия используются в современных сетях?

Под низким уровнем я имею в виду IP, TCP, ARP, ICMP, DHCP и т.д.

Какую книгу по компьютерным сетям почитать студенту?

я как раз-таки программист)

Зачем в состав JWT входит открытый payload?

А если используется ассиметричное шифрование и у сервера есть возможность самостоятельно восстановить данные с помощью открытого ключа?

Как обрабатывать все запросы в одном файле на Apache?

FanatPHP, да, пост и вправду передается