Используйте препроцессор и разбивайте на файлы, на выходе будет один или несколько css в зависимости как настроить. Обычно используются ещё сборщики для объединения медиа запросов, и тогда их можно прописывать внутри блоков добавить к этому миксины и переменные, исходник становится более читаемым, а на выходе оптимизированный css.