Мда.. Вообще этим инструментом не пользуюсь, но зашел на гитхаб посмотрел gulpfile и все ясно
scripts: {
src: [
// 'node_modules/jquery/dist/jquery.min.js', // npm vendor example (npm i --save-dev jquery)
baseDir + '/js/app.js' // app.js. Always at the end
],
dest: baseDir + '/js',
}
Комментарий этот пример подключения jquery. Набираешь в терминале npm i --save-dev jquery для установки, правда я без понятия зачем автор ставит флаг --save-dev, ну по сути в его сборке он вообще для своего прямого назначения не сработает. И нужно раскомментировать строку 'node_modules/jquery/dist/jquery.min.js', по такому же принципу подключаются остальные файлы, путь относительно gulpfile.
UPD для таких целей вообще удобно использовать модуль gulp-rigger, удобнее подключать сторонние скрипты и при их подключении не нужно перезагружать задачу.