Сам спросил, сам отвечаю :) Команда, передающая alter, вот
SELECT pglogical.replicate_ddl_command(command :='ALTER TABLE public.stats ADD Phone CHARACTER VARYING(20)',replication_sets:=ARRAY['insert_update']);
удалить столбик phone
SELECT pglogical.replicate_ddl_command(command :='ALTER TABLE public.stats DROP Phone',replication_sets:=ARRAY['insert_update']);