RubyMine в проекте отображает гемы из Gemfile.lock, возможно вы его не обновили? И в чем конкретно заключается "не видит", если не работают подсказки, то это связано с индексированием исходников проекта, которое иногда отваливается или зависает и помогает только рестарт RubyMine. Вообще я часто делаю так же как и вы и особых проблем не замечал.