Вадим

«Хранить» и «использовать» — две большие разницы.

Использовать, уверен, не имеют право. А вот хранить договор — обязаны. Хотя бы с точки зрения всяческих проверок по бухгалтерии — они оказывали услуги, получали за это деньги и т.д. И все это должно быть подтверждено соответствующими документами.

Хранение документов, подтверждающего ваши правовые и финансовые отношения вряд ли можно отнести к «обработке персональных данных»

> А через экспресс-почту отправляйте копию себе и копию заказчику
А зачем копию себе? Какой смысл? При отправке заказчику на руках остается документ, и всегда можно получить письменное подтверждение доставки отправления адресату

В договоре вполне можно предусмотреть сдачу промежуточных этапов по электронной почте. И в случае спора тут главную роль будут играть подписанные акты. Т.е. если в подписанном акте указано, что заказчик работу по промежуточному этапу получил, что она выполнена полностью и претензий к качеству и срокам он не имеет, то этого вполне достаточно.

Поэтому я бы предложил такую схему:
1) В договоре предусматриваете сдачу промежуточных этапов (или даже всю работу) в электронном виде (мылом, через FTP, как-то еще)
2) Выдавая на гора результаты этапа, отправляете в электронном виде акт сдачи-приемки работ
3) Получив и проверив результаты, заказчик распечатывает и подписывает акт и высылает Вам
4) Выслав акт, проводит оплату (вменяемый заказчик понимает, что подписанный им бумажный акт — основание стребовать с него денег через суд, в случае чего)
5) Вы, получив подписанный акт, также его подписываете и один экземпляр отправляете обратно

Для ускорения можно в п.3 не обычной почтой высылать документ, а экспресс-почтой (напр., DHL или еще какой-то). Если стоимость работ не копеечная, то несколько сотен рублей погоды не сделают.

Да, и я еще советовал бы в договор такой пункт внести — работы по следующему этапу начинаются только после оплаты за предыдущий этап. Это на случай, если заказчик с оплатой тянуть вздумает