Нельзя сравнивать язык и ЦМС написанную на этом языке. Не знаю сколько уйдёт времени на то чтоб выучить ПХП и написать свой магазин, но точно больше чем установить готовую ЦМС, настроить её, допилить до нужного функционала.
Если выбирать какую, я бы взял OpenCart.