Только по косвенным признакам.
Если вы ждёте аудиторию из РФ, а VPN находится за ее пределами, можно дергать IP посетителя ($_SERVER['REMOTE_ADDR'];) и прогонять через какой-нибудь сервис типа https://ip-api.com. Результат отличный от "Russua" - обрабатывать, как вам требуется...
Но это как вариант. Способ весьма костыльный.

Может "расквартировать" каждый тег в отдельную папку?

Да.

Но тогда папок наберётся...пара сотен, а то и больше

Зато будет меньший вислер ПК при листинге

Как мне быть?

1. Если это не SSD - желательно на него перейти.
2. Бэкапы (никто не отменял).
3. Проверить "индексирование файлов и папок" в Windows (лучше включить, если выключено).

Так вот, есть ли риск, что таким макаром я рискую скоро угробить диск?

Риск есть всегда. В вашем случае он повышенный, поэтому желательно всегда делать бэкап.

P.S. Еще можно поискать какую-нибудь программу-каталогизатор фото. Она поможет сделать поиск и хранение более удобным.

А если попробовать mb_substr?