Итог:
Перешёл на контейнеры LXC, где это возможно, и текущая скорость работы сервера в целом с теми же задачами сильно порадовала, все поднятые сервисы стали значительно отзывчивее.
Стоит также упомянуть я отказался от хранения файлов через Nextcloud и перешёл на Seafile. Nextcloud оставил только как сервис календарей, задач, контактов.
Для работы с файлами Seafile значительно шустрее, хотя на мой взгляд менее гибок и удобен.