voned

Полностью согласен с FoxInSox
Но попробую предложить вариант.
Agile(scrum, но для вас видио kanban) - думаю поможет.
Fix + flex
Flex ещё на две части - из одной вычитаем штрафы. В другую накидываем мотивацию за закрытые в срок задачи.

Заведите доску(kanban), за каждой карточкой есть исполнитель и вес задачи. По результату итерации - считаем сторипоинты и выплачиваем.

Договорились на 1500$.
Скажи, теперь чтобы заработать нужно работать.
"Ты по любому получишь 1000$, если не будешь попадать под штрафы
И можешь получить ещё 1000$, если будешь очень крут."

Рассчитай что в месяц есть план в 500 очков и это 100%.
Сделает на 250 очков, получит свою зп, не сделает получит меньше.
Но всё равно задачи придётся оценивать и вести учёт выполненной работы.

А раз делаете сайты - можно в принципе всё по сделке посчитать.

P.s. Редмайн - бесплатный :)

Учет рабочего времени приведет к тому что люди будут сидеть с 9 до 5 и ровно в 5 убегать недописав строчку.
Учет строчек кода за месяц раздует исходники в 10 раз.

Единственная возможность реально учитывать сделанную работу - по реализованной функциональности. Но тут либо надо предоставить программистам свободу в определении сроков, либо назначать сроки самому (требуется опыт и немного предвидения). И как-то разбираться с ситуациями когда Вася сделал тяпляп и быстро, а Петя потом 2 недели убирал за ним.
Вобщем, создавайте команду, где каждый чувствует ответственность за проект. Даже если вы берете студентов.