Не уверен, насколько будет корректен мой ответ, Вы ведь насчет системы контроля версий спрашивали, но я бы порекомендовал использовать менеджер зависимостей. Если работаете с php, то есть composer, который делает все то, что указали в первом вопросе(не уверен, правда насчет других языков). По остальным двум пунктам -- присоединяюсь к
@maxaon 
