Приношу свои извинения за этот вопрос. Проблема была не в коде. Я смотрел на .mdf файл который находится в Solution Explorer и в Server Explorer.
Оказалось, что есть еще один файл, которой находится в ProjectName/bin/Debug/Main.mdf.
Именно туда все запросы и идут. Но я его не создавал. Вообще не понимаю как он там оказался, и почему после обновления .sql скриптов в первой .mdf базе они и там обновлялись.
