Да, можно отправить standby-команду диску через hdparm, hd-idle или альтернативную программу.
Если диск поддерживает APM+spindown самостоятельно (что умеют делать не все современные диски), настройте его также через hdparm. Пример команды для отправки диска в сон спустя 3 минуты бездействия:
hdparm -B 127 /dev/sdX
hdparm -S 35 /dev/sdX
