Зависит от дистрибутива, который разворачивается по PXE.
В RHEL-based нужно смотреть в сторону файла kickstart
В DEB-based - в сторону preseed.cfg
Оба варианта позволяют выполнять набор команд после установки ОС.
Можно по другому реализовать - сделать пакет с демоном, который при первом запуске после установки будет выполнять необходимые команды и потом удалять сам себя
