Как можно сделать отдельные метки (таксономии) для каждой категории с помощтю ACF?

Как можно сделать отдельные метки (таксономии) для каждой категории с помощью ACF?

- такого решения не знаю
Но что мешает наделать обычных меток, используя в слаге нужную категорию?
Овощ - "asan_ovosh"
Овощ - "lenta_ovosh"

Если таких меток немного, то можно их руками прописать в выборке.
Если много, то написать паттерн и слаги прогонять через него - с нужным вхождением выводить в требуемой категории

Как на одной из страниц исключить из поиска все рубрики категории, кроме одной?

Евгений, https://wp-kama.ru/function/wp_query#categories

Пример функции
page_id - идентификатор страницы, на которой нужен кастомный вывод
cat_id - идентификатор нужной категории

function custom_search_filter( $query ){
    if( is_page (page_id)) {
        // задаем нужные нам критерии выборки данных из БД
        $args = array(
            'cat' => cat_id
        );

        $query = new WP_Query( $args );

        // Цикл
        if ( $query->have_posts() ) {
            while ( $query->have_posts() ) {
                $query->the_post();
                ?>
                <li><?php the_title() ?></li>
                <?php
            }
        }
        else {
            // Постов не найдено
        }

        // Возвращаем оригинальные данные поста. Сбрасываем $post.
        wp_reset_postdata();
    } else {
        // задаем нужные нам критерии выборки данных из БД
        $args = array(
            // другие нужные параметры
        );

        $query = new WP_Query( $args );

        // Цикл
        if ( $query->have_posts() ) {
            while ( $query->have_posts() ) {
                $query->the_post();
                ?>
                <li><?php the_title() ?></li>
                <?php
            }
        }
        else {
            // Постов не найдено
        }

        // Возвращаем оригинальные данные поста. Сбрасываем $post.
        wp_reset_postdata();
    }
}

Почему дублируются файлы у WordPress?

WebmasterOffice, как обнаружить вирус
1. на хостингах обычно есть утилита aibolit - она ищет зараженные файлы
2. если на хостинге такой утилиты нет, то можно поискать локальную версию

Прогнать все файлы и папки через утилиту - она выдаст вредоносные/подозрительные скрипты в файлах.
По-хорошему, еще посмотреть БД на предмет заражения