нужен background не прозрачный

header nav ul li ul {
background: #f7f7f7;
}

Можно использовать scrollIntoView

const anchors = document.querySelectorAll('a[href*="#"]')

anchors.forEach((anchor) => {
  anchor.addEventListener('click', function (e) {
    e.preventDefault()
    
    const blockID = anchor.getAttribute('href').substr(1)
    
    document.getElementById(blockID).scrollIntoView({
      behavior: 'smooth',
      block: 'start'
    })
  })
})

А арифметику с отступами от шапки доверить css

В примерчике более подробно

Во первых надо использовать npm i без подчеркивания

А во вторых на скрине в папке app нету package.json и вряд ли npm сработает тут

Какое содержимое папки lib и папки js ? какие скрипты в index вызываются?

a, b это элементы массива numbers, текущий и следующий