Посмотрите родную библиотеку ZendX_JQuery
framework.zend.com/manual/1.12/ru/zendx.jquery.vie... там есть отличный метод $view->jQuery()-addOnload(), через него и накидывайте нужный JS на свой помощник вида или непосредственно в контроллере. Чтобы не писать JS внутри PHP-кода можно придумать какие-нибудь js-шаблоны. Суть в том, что для каждой вьюхи, контроллера или хелпера будет только тот js-код, который нужен в настоящий момент.