В помощь вам папка /local/ в корне сайта (на одном уровне с /bitrix/). В ней создаете нужные вам шаблоны и прочую ересь. Папку bitrix помещаете в .gitignore. upload туда же. В принципе можно не весь битрикс запихнуть в .gitignore, а только определенные части директории.
