Vitaly Karasik

Access denied

Проблема в пользователе/пароле, проверьте их еще раз. И учтите, что root@localhost и root@% это разные пользователи.

Посмотрите
https://www.percona.com/doc/percona-server/5.7/man...
(https://mariadb.com/kb/en/authentication-plugin-pam/ - кто что больше любит).

Сам не использовал, но пользовался модулем LDAP - для аутенфикации против active directory.

по мимо заббикса и SNMP

два варианта -
1) заббикс и ему подобные. Есть те что ставятся проще.
2) скрипт в кронтабе, как написали выше

Или - глянуть на место на диске сейчас и через час (день), понять что жрет место, и 1) оценить что будет через неделю, 2) активизировать log rotation, и прочие кроны по очистке/архивации

может я что-то упустил, но ИМХО nginx_ssl.conf не подключен.
Обычно его надо засунуть в conf.d диркекторию.
Или, для проверки, просто добавьте ssl config в конец nginx.conf

Нажмите ESC - должен появиться лог загрузки, из него надеюсь будет понятно, где застряло

Покажите конфигурацию вашего вирт. хоста

1) попробуйте без " -d" - " In debug mode, no changes will be made to the logs or to the logrotate state file."
2) А какой у вас дистрибутив? rsyslog-rotate установлен?

Ваша аппликация слушает только через IPV6, вам надо где-то в настройках tomcat сказать ему слушать на "старый" IPV4.

Когда запускаю ML модели,

Если это в командной строке, то

nohup my_ml_script &

Snap это новый модный формат пакетов, который использует read-only loop mount.
Как менять конфиг? - или через интерфейс snap, или смонтировать вручную и поменять - см. линки:
https://askubuntu.com/questions/1046606/cannot-edi...
https://snapcraft.io/docs/configuration-in-snaps

mysql user должен быть владельцем /var/lib/mysql1 и /var/lib/mysql2

Вот в подробностях https://habr.com/ru/company/htmlacademy/blog/254825/, разве что про электроны не написали :-)

Есть один контейнер с тремя виртуальными сайтами? Можно прописать сертификат один раз, см. например https://www.linode.com/docs/web-servers/nginx/enab...

Offtopic: мне трудно представить ситуацию, чтобы :порт был удобнее чем subdomain или site.ru/site2

Если с GUI - XRDP или VNC.
Чтобы работало быстро и для настоящих линуксоидов - SSH (PuTTY или другой клиент)

Насколько я вижу (из первого графика), потребление памяти не увеличивается, так что memory leak нет.
Так что если сервер работает стабильно, я бы оставил все как есть.

Согласен с ответом выше.
Я вижу два варианта:
1) открыть сайт всему миру. Подвариант - закрыть для определенных стран через GeoIP.
2) открыть сайт только пользователям по их адресам, т.е. через  whitelist.

Попробуйте создать нового пользователя и зайти с ним.

Еще вариант - удалите (перенесите в другое место) все конфиг файлы и директории из домашней директории проблематичного пользователя.

А что выдает

lsof -ni | grep elastic

?

и посмотрите логи