Как , собственно, правильно исправить данный кофликт?
Удалять перед копированием не поможет, это проверка метаданных.
Исправить можно одним из след. вариантов:
- исключить nginx.conf из первого пакета
- исключить nginx.conf из списка файлов первого пакета
- во втором пакете использовать что-то типа conf.d/my-custom-nginx.conf
OFFTOPIC: IMHO, лучше кастомный конфиг накатывать через Ansible/Puppet/Chef/...