ответ поддержки Яндекса

"Дело в том, что Метрика учитывает любые посещения сайта. В отчетах "Рекламные системы", "Источники, сводка", Вебвизор показывается количество визитов, которые состоялись по всем кликам: и по учтенным, и по отфильтрованным системой защиты от склика в Директе. Статистика в отчетах "Директ сводка" и Директ площадки" показывают визиты только по учтенным кликам.
Поэтому в данном случае было 2 конверсии - 1 в результате учтённого клика, вторая - в результате отфильтрованного."

На мой вопрос "Как конверсионный клик мог попасть под фильтры склика " Яндекс ответил - фильтры сложные, такое может быть.