Как вариант использовать отложенные функции.
Например в шаблоне компонента умного фильтра делаешь вывод обоих блоков, только обернув их в
<? $this->SetViewTarget("filter1");?>
//Код блока 1
<? $this->EndViewTarget();?>
<? $this->SetViewTarget("filter2");?>
//Код блока 2
<? $this->EndViewTarget();?>
А там где нужно, например в section.php комплексного компонента каталога, вывести эти блоки так:
<? $APPLICATION->ShowViewContent('filter1');?>
<!--какой то код и вертска-->
<? $APPLICATION->ShowViewContent('filter2');?>