В общем случае задача решается сборкой двух бинарников: из оригинального и измененного кода. Потом сравниваете результаты. Но если изменения включают добавление/удаление кода или условных переходов - все поплывет и там черт ногу сломит. И вот тогда IDA в руки и смотреть.
"хочу сделать то, что возможно до меня никто даже и не думал делать. " хочу вас огорчить, думали. Например, создатели ОС придумали ограничение прав доступа.