Дело в том что спидтест скорее всего использует сервер вашего провайдера при измерении скорости - то есть он меряет канал предоставляемый вам вашим провайдером. А вот при использовании сервиса Яндекса вы скорее всего общаетесь с ним через сети третьих лиц поэтому и скорость меньше.
