Хоть цена клика и разная, вы не заплатите больше в регионе, чем цена клика у конкурентов.
Например, Вы установите для объявления цену клика - 15 руб. При этом в Москве с Вас действительно могут снять 15, а вот в Челябинске - 7. Это зависит от конкурентной ситуации. Даже раньше в Яндексе была функция "автоброкер", она автоматически регулировала цену клика в различных регионах. Сейчас эта функция стала встроенной и обязательной.
А касаемо Вашего вопроса, то есть случаи, когда стоит разбивать. Например, если объявление показываются по времени, то в каждом регионе свой часовой пояс. И было бы лучше разбить их именно по часовым поясам.
У меня были случаи, когда я делю кампании по следующему принципу: у клиента два офиса (один в Москве, другой в Новосибирске). В данном случае кампании лучше разбить на близость к каждому из городов.
В общем, тут все индивидуально)
