Зависит что за приложение конечно но в общем случае ответ - нет.
Если телефон на Samsung поддерживает Samsung Pay (не все поддерживают ) и карта тоже поддерживается (зависит от банка и типа visa/mc, если не поддерживается - скажет )- Samsung Pay конечно. Намного удобнее. Бонусом будет оплата через MST (если аппарат держит) - на терминала которые не умеют NFC. Если на аппарате рут - забыть (потому что Knox наверняка трипнут).
Samsung Pay еще и дополнительную безопасность дает за счет генерации временного номера.. Один из недостатков - если делать возврат (в смысле отмену операции) - то нужно делать его именно на телефон, потому что номер карты который считал магазин - другой. (Те же проблемы что с Apple Pay собственно).
Другие варианты (вот тут только NFC уже а не MST):
- Приложение Яндекс.Денег - умеет выпускать виртуальную карту, которую и использует для платежей. Деньги снимаются либо с баланса привязанной настоящей карты либо с баланса Яндекс.Кошелька (если там не 0), кстати безопасный способ если очень сильно беспокоится - больше чем есть на балансе Яндекса - не украдут если карта не привязана
- Приложение конкретного банка, если он это поддерживает (например Тиньков поддерживае а Альфа-банк - нет), разумеется если есть карта этого банка
С рутом - да, будут сопротивляться и говорят что или NFC-оплата или рут но обычно можно подавить это сопротивление.
