Виктор

Поскольку файлы уже отслеживались и есть в git, недостаточно добавить их в .gitignore, помимо этого нужно удалить их из git

git rm --cached index.html

Если сайт хостится через GitHub Pages, то как раз index.html из репозитория и считывается для этого. Если удалить index.html, никакой сайт никто не увидит. Хотите сделать сайт с закрытым кодом - храните код в приватном репозитории и показывайте через платный хостинг.

Он перешёл на предпоследнюю ветку и не удаляя последнюю, закоммитился

что еще за "последние" и "предпоследние" ветки, какие-то новые понятия в git?

Как соединить коммиты и исправить ситуацию?

в ветке main сделать (на выбор):

• git reset --hard origin/main, тогда main станет соответстовать origin/main, но коммиты e32d4e8 и 690c2b9 пропадут, но не из истории, так что их можно будет подтянуть: git cherry-pick e32d4e8, git cherry-pick 690c2b9
  
• git reset --soft origin/main, посмотреть git status и сделать новые коммиты
  
• git rebase origin/main, тогда коммиты e32d4e8 и 690c2b9 начнут применяться заново, начиная с коммита 69805c1 (в ходе применения могут возникать конфликты, а так же у применяемых коммитов будет новый хэш)
  
• git rebase -i origin/main (интерактивный ребейз), почти то же самое, как предыдущее, но сначала откроется текстовый редактор (который в git указан как редактор по умолчанию) и в нем можно будет указать как именно делать ребейз, например можно будет не переность коммит 690c2b9 или изменить сообщение коммита
  

Если project тоже является проектом, у которого должен быть свой репозиторий, то вложенные проекты нужно добавить в .gitignore

/server/
/client/
/db/

Если вложенные папки уже отслеживаются гитом, нужно так же удалить их для гита

git rm -r --cached server
git rm -r --cached client
git rm -r --cached db

git add .

1. Клонируешь проект из исходного репозитория

git clone <ссылка на старый>

2. Переходишь в склонированный репозиторий и добавляешь новый удаленный репозиторий

git remote add copy <ссылка на новый>

3, Пушишь коммиты в новый репозиторий (выше в команде я назвал его copy)

git push --all copy

git pull

подтягиваю на сервер актуальную версию git fetch origin master

только информацию об этой версии