> Разработчик утверждает что: "оптимизация и создание сайтов - это 2 разные услуги"
Как бы да, это две разные услуги. Но в идеале он должны выполняться вместе.
Большой процент отказов негативно влияет на поведенческие. Лучше перенести сайт на другой домен.
Да и рано или поздно с вами свяжутся представители известной компании и попросят отдать им домен.
На попадание в ЯК точно не влияет.
По индексации ситуация такая - Метрика может отправлять страницы на индексации если ей этого не запрещают. Вот тут подробно написано https://yandex.ru/support/metrika/code/stop-indexi...