Кому интересно решение данной задачи: все предельно просто.
Сначала создаем pop-up окно, авторизовываемся в нем и редиректимся на нашу страницу прослойку, там мы имеем уже наш jwt токен (или любой другой) и через
window.opener мы можем вызвать любой метод в родительском окне. К примеру: window.opener.setToken('{token}'), перед этим определив функцию в родительском окне:
window.setToken = function(token){ /* записываем наш токен */}