Andrey Uteshev

утилита mytop

strace -p PID

посмотри что внутри процесса php.

https://lumen.laravel.com/

Lumen.
The stunningly fast micro-framework by Laravel.

почини сначала mysqli.

сайты быстро открываются?
объемы страниц/файлов какие?
можно из консоли запустить 10 php.
1-ый будет брать урл с id кончающимся на 1.
и так далее.

check pid.

можно подправить код вызова select.
добавить коммент в sql запрос с трейсом вызова:)
изврат!

запусти из консоли. включи отображение ошибок.

php.net/manual/ru/ini.core.php#ini.auto-prepend-file

индексы делал?
план запроса посмотри.

если можно итерациями счиатать и сохранять в промежуточной таблице.

php.ini - error_log=/war/log/site/php/php_error.log

console: tail -f /war/log/site/php/php_error.log

по пиксельно скопировать.

если у вас несколько точек входа в mysql - для каждой своего mysql юзера.

возможно у тебя попали символы из инклюдов.
и их php посчитал за оутпут.
добейся что б во всех php файлах были в началие <?php
а в конце можно ?> не ставить.

до кучи:

mysqltop

утилита для linux типа top|atop}apachetop