Я с вконтактом никогда не работал, но сострепать пример выше не составило труда. Вам просто нужно инициализировать приложение при запуске с некими правами. Пользователь должен один раз согласиться с ними и потом, если он авторизирован и с сесией все впорядке, приложение может без уведомлений делать от его имени разного рода действия. Но это уже другой вопрос :)
Улыбнуло :)
Автор имел ввиду немного другое. Первым не нужны сертификаты так как и без них очень хороши в своем деле и они это знаю. А вторым не нужны потому что они так только думают и/или ложить они хотели на эти сертификаты и без них все тип-топ.
В таком случае другого решения кроме как использовать setTimeout нет.
1) запускать alert после 500 мсек
2) запускать каждые N мсек проверку на наличие елемента в DOM ($('#asd').length) и тогда запускать alert