Вам нужно уточнить конфигурацию с которой производиться обмен и вносились ли в нее какие-то изменения. Типовой обмен происходит в xml формат CommerceML, можете найти описание формата на сайте 1С.
Выгрузку на сайт в 1с можно делать выборочно(накладывая условия, по группам или другим параметрам).
Вам по любому придется определить какие товары показывать на сайте, какие нет. Вопрос только на какой стороне сайта или 1С(тогда кто-то из пользователей за этим должен следить).
По срокам сложно что-либо сказать, но если только ограничить выгрузку товаров по какому-то признаку, то должно не шибко долго.
