А с безопасностью совсем просто.
На shared-хостинге натыкано 100500 юзеров, у каждого своя папка и свой конфиг сайта.
Если каждый процесс nginx-a запущен с правами своего пользователя, то вся головная боль по допуску-недопуску одних юзеров в каталоги других юзеров лежит на ОС (и она с ней блестяще справляется). Если бы были потоки от одного-единственного юзера www-data, то ничего не мешало бы юзеру Пете сделать симлинк или просто ссылку в своём конфиге на папку юзера Васи и копаться в его файлах через веб-сервер.
