Человек спрашивает про обработку сигнала в реальном (или около того) времени. Тут сложно посоветовать что-то. Единственное, что в мне голову приходит: jack + jackrack + соответствующие LADSPA плагины. Но это всё под gui.
Навскидку
linuxopen.ru/2008/08/29/jack-rack.html вот нашел.
Ну и соответственно jack control можно разрулить входы и выходы (если у Вас планируется несколько звуковых карт)
