Добрый день,
Есть несколько вопросов:
Во-первых почему у вас несколько элементов с одинаковыми id??

const response = document.querySelectorAll('#response');

Во-первых зачем вам нужен метод .toString() в коде? пока не пойму как у вас реализовано, но проверка у вас странная для меня.

И наконец в-третьих киньте в консоль ваш объект или на этапе проверки, или и там и там, и сразу станет ясно что вы делаете не так, полагаю что проблема в document.querySelectorAll('#response');

Попробуйте так:

questions.map(question => {
          console.log(response)
            const doneArray = [...response].filter(resp => {
console.log(`resp.value ${resp.value}`)
console.log(`question.done ${question.done}`)
                return resp.value.toString().toLowerCase() === question.done.toString().toLowerCase();
            })

Я мог не уловить контекста, но такое ощущение что вы немного вслепую кодите))))

Итого мне кажется ты нас немного дуришь друг, ты не можешь получить в JS такой объект :

var jeD= {
    1: {
        id: 2,
        value: 43,
        name: 'GGP'
    },
    1: {
        id: 4,
        value: 22,
        name: 'GGU'
    },
    2: {
        id: 55,
        value: 95,
        name: 'PLVAl'
    },
    2: {
        id: 56,
        value: 13,
        name: 'PLINT'
    },
    2: {
        id: 59,
        value: 133,
        name: 'BARG'
    },
};

Ведь в JS одинаковые свойства затирают друг друга, итого на выходе ты получишь вот такой объект:

jeD= {
    1: {
        id: 4,
        value: 22,
        name: 'GGU'
    },
    2: {
        id: 59,
        value: 133,
        name: 'BARG'
    },
};

Поэтому предлагаю сделать хотя бы так:

var jeD= {
  'items': [
  <?php foreach($data as $item): ?> 
    'number':<?php echo $item['number'] ?>,
    'id': <?php echo $item['id'] ?>,
    'value': <?php echo $item['value'] ?>,
    'name': <?php echo $item['name'] ?>
  <?php endforeach; ?>
    ],
sortNum(num) {return this.items.filter( elem => elem.number == num).sort( (e1,e2) => e1.value - e2.value)} 
};

Теперь метод sortNum() будет возвращать вам отсортированный по номеру

Например jeD.sortNum(2) вернет вам :
[
{number: 2, id: 56, value: 13, name: "PLINT"},
{number: 2, id: 55, value: 95, name: "PLVAl"},
{number: 2, id: 59, value: 133, name: "BARG"}
]
собственно то чего вы и хотели, не благодарите))

Спасиба вам обоим, вроде заработало, и тот и то способ работают
добавил этот канал и заработало
https://maiboroda.pro/api/channel_v3.json