Василий Банников

В md для полноценного переноса нужно вставлять пустую строку.
Так что пока у тебя нет пустых строк - переносов не будет.

Валидный HTML считается валидным markdown.
Зачем ещё конвертировать? И зачем делать из этого markdown, если потом всё равно его в HTML переводить?

А вообще в md нет встроенных средств для выделения цветом, так что врядли у тебя получится

Центрирование текста делается через html, так что внутри <p>...</p> нужно вместо markdown использовать html-теги.

Судя по мануалу, тебе нужен не latex-engine, а pdf-engine, на что тебе собственно и ругается пандок (говорит, что он ждал на входе латех):

pandoc MANUAL.txt --pdf-engine=xelatex -o example13.pdf

https://pandoc.org/demos.html