в первом варианте, когда сущьность не найдена, и результат нулл, то надо создать новый объект и заперсистить его перед записью
И если запись уже найдена, просто обновить её ! т.е. смерджить.
и в конце отправка на запись в БД, т.е. собираеются все запроссы и одной большой пачкой отправляются на запись в БД. и указанные выше(в примере) и те которые были указаны в $em->persist(...) ранее !
В вашем примере оч хорошо показано, что обновление записи идет - замена даты создания/генерации