Я так понимаю из-за невалидной разметки
phpQuery::newDocument
парсит только пол документа.
Если я прав, то нужно найти неправильный тэг ,отсутствия слеша, кавычки и т.п.
Далее через replace сделать валидный документ и только потом парсить.
PHp у меня нет)не запускал
