Таблицы лочатся. Так что одновременно оно все равно не сработает.
Как и что лочится, зависит от типа движка.
Ну и еще можно самому принудительно лочить если нужно LOCK TABLES/UNLOCK TABLES
Вы ж альясы таблицам присвоили. их и используйте.
замените Station.nameStation as dep, Station.nameStation as arr
на dst.nameStation as dep, ast.nameStation as arr
ну и AND dep = dst.nameStation и AND arr = ast.nameStation лишнии