При большом кол-ве пунктов меню начинает виснуть (в админке) или сохраняется не полностью?) Знакомая проблема, поставьте вот этот плагин и всё будет гуд Faster Appearance - Menus
В админку автоматом не перенести структуру страниц, но если их порядок править не нужно - можно вывести всё кодом
