Можно в локейшене изобразить такой ад:
rewrite ^/([^/]*)/([^/]*)/(.+\.(js|css|png|jpg|jpeg|gif|ico|html))$ /$1/$3 break;
Либо если количество "вылавливаемых" директорий конечно то:
rewrite ^/(img|article)/([^/]*)/(.+\.(js|css|png|jpg|jpeg|gif|ico|html))$ /$1/$3 break;
